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一.保税物流企业在海关核查中所享受的权利
1.有要求海关保守商务秘密的权利。海关在对企业进行核查的过程中会要求企业提供相关客户资料、采购货物的渠道
销售货物的价格等情况，以及要求提供产品的生产工艺流程、配料单等，对此，企业有权要求海关为其保守涉及商业秘密。
2.有要求海关告知相关业务知识的权利。
3.对海关工作人员存在违法行为的，可以依法检举、控告。
4.海关在保税核查中，因违反有关规定造成企业直接经验损失的，被核查企业可以依法申请赔偿。
5.企业可向海关申请反馈核查情况。
二.保税物流企业在海关实施核查中所应履行的义务
被核查企业应接受并配合海关实施保税核查，提供必要的工作条件，如实反映情况，不得拒绝、拖延、隐瞒。
被核查企业委托其他机构记账的，双方当共同配合海关查阅会计资料，不得推诿。
1.有如实申报的义务。如实申报是保税物流企业在办理海关业务时最基本的一项义务，贯穿备案环节、进出口报送环节、保税货物加工环节、加工贸易手册报核环节等。如实申报是海关对企业实施信任管理的基础，是评定企业管理类别的重要依据，也是建立新型关企合作关系的基础。
企业在海关实施加工贸易核查中所要求的如实申报义务包括两个方面的内容：一是根据海关核查的需要，企业应依据实物状态、数量如实申报具体的数据；二是对于历史数据的申报，应依据真实有效的原始凭证进行申报。
2.提供资料的义务。被核查企业应根据海关要求提供保税物流加工贸易有关的合同、发票、账册、记录、文件、业务函电、录音录像制品和其他资料、电子数据或者复印件的义务。原则上向海关提供的资料均应加盖公司公章，签注日期。
3.为海关开展实物盘点等工作提供便利。被核查企业的保税物流 法定代表人或其授权的代表应当到场，按照海关的要求清点账簿、货物，打开货物存放场所、搬移货物或者开启货物包装，并在海关核查记录上签名确认。
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